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Cycle de l'azote : cycler son aquarium sans précipitation

Cycle de l’azote en aquarium : les étapes, la durée observée dans les mesures, le pic de nitrites et le bon moment pour ajouter les premiers poissons.

Qu’est-ce que le cycle de l’azote ?

Le cycle de l’azote désigne la transformation des déchets azotés par les micro-organismes du filtre. Les déjections des poissons et les restes de nourriture libèrent de l’ammonium ; sa forme non ionisée, l’ammoniac, est très toxique. Des micro-organismes installés dans le filtre transforment l’ammonium en nitrites, puis en nitrates, beaucoup moins toxiques [3].

Des études de biologie moléculaire montrent que, dans les filtres d’aquarium d’eau douce, ce sont surtout des archées, des bactéries proches de Nitrospira et des bactéries dites « comammox » qui assurent ce travail, plutôt que les Nitrosomonas et Nitrobacter souvent citées dans la littérature aquariophile plus ancienne ; Nitrobacter n’a d’ailleurs pas été détecté dans les bacs d’essai de l’étude de 1998 [1] [5] [6].

Ces transformations consomment de l’oxygène et de la dureté carbonatée (KH) [3]. On appelle « cyclage » (ou mise en route) la période pendant laquelle ces micro-organismes colonisent les masses filtrantes d’un nouvel aquarium.

Quelles sont les étapes du cycle de l’azote ?

Le cycle se déroule en trois phases, décrites dans des séries de mesures. D’abord, l’ammonium monte puis redescend : dans des bacs d’essai sans poissons, il avait disparu vers le 12e jour [1].

Fig. 1 Les trois étapes du cycle de l’azote
  1. L’ammonium monte Les déchets et la nourriture (ou le chlorure d’ammonium) apportent de l’ammonium ; les premiers micro-organismes s’installent.
  2. Les nitrites montent puis baissent L’ammonium devient nitrite ; après le pic, d’autres micro-organismes le transforment en nitrate.
  3. Les nitrates montent – terminé Ammonium et nitrites ne sont plus détectables, les nitrates augmentent. Ensuite, changements d’eau réguliers.

Ensuite, les nitrites s’accumulent jusqu’au « pic de nitrites », puis diminuent. Dans ces mêmes bacs d’essai, le pic est survenu vers le 21e ou le 22e jour [1]. Dans trois aquariums domestiques, il est apparu en semaine 2 dans deux bacs et seulement en semaine 7 dans le troisième [2].

Enfin, l’ammonium et les nitrites ne sont plus détectables et les nitrates augmentent : le cycle est terminé [1] [2]. L’ordre des étapes est bien documenté ; leur durée varie fortement d’un bac à l’autre, et personne ne peut prédire le jour exact du pic dans votre aquarium.

Combien de temps dure le cycle de l’azote ?

Comptez plusieurs semaines. Dans une étude portant sur trois aquariums domestiques, l’ammonium et les nitrites n’étaient plus détectables après 3 semaines dans deux bacs et après 8 semaines dans le troisième [2]. Dans des bacs d’essai, les nitrites ont disparu vers le 26e ou le 38e jour [1]. Les experts de l’Université de Floride (UF/IFAS) indiquent 6 à 8 semaines pour qu’un nouveau filtre biologique soit opérationnel [3]. En Suisse, l’OSAV (Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires) recommande d’attendre quatre semaines après l’aménagement de l’aquarium avant d’y installer des poissons [4] ; c’est un délai fixe, sans critère de mesure.

Fig. 2 Durée du cycle mesurée et délais recommandés
Trois aquariums domestiques avec poissons 3–8 semaines
Bacs d’essai sans poissons, nitrites disparusjour 26 ou 38 3,7–5,4 semaines
Recommandation d’experts UF/IFAS 6–8 semaines
Délai d’attente OSAV (Suisse) avant les poissons 4–4 semaines

Petits échantillons : trois aquariums domestiques (étude de 2025) et bacs d’essai d’une étude de 1998. UF/IFAS : recommandation d’experts ; OSAV : délai fixe, sans critère de mesure. Règle maison d’Aquamici : comptez 4 à 8 semaines, ce sont les mesures qui décident. Sources: [2] [1] [3] [4]

Les « 3 semaines » souvent citées sur les sites et forums francophones correspondent au bas de la fourchette observée, pas à une garantie. En laboratoire, l’activité de certaines bactéries oxydant les nitrites a nettement chuté à pH 6,1, et, dans un essai séparé, à 10 °C [7] : une eau acide ou froide peut donc ralentir le cycle. Qu’augmenter la température raccourcisse le cyclage dans un aquarium domestique n’est en revanche pas démontré.

Règle maison : comptez 4 à 8 semaines pour un nouvel aquarium. Ce sont les mesures, et non le calendrier, qui disent quand il est prêt.

Peut-on mettre des poissons sans attendre ?

Ce n’est pas recommandé : tant que le filtre n’est pas colonisé, l’ammonium et les nitrites montent [1] [2]. Dans trois aquariums domestiques peuplés dès le départ (deux avec sept poissons, un démarré avec un seul poisson qui en comptait 16 au bout de trois semaines), les nitrites ont atteint environ 0,5 et 0,7 mg/L d’azote nitreux (NO2-N) en semaine 2 dans deux bacs ; dans le troisième, l’ammonium est resté élevé de la semaine 2 à la semaine 7 [2].

L’ammoniac nuit aux organismes aquatiques à partir d’environ 0,05 mg/L de NH3 [3]. Les nitrites bloquent le transport de l’oxygène dans le sang des poissons [8] : ceux-ci peuvent manquer d’oxygène même dans une eau bien aérée.

Notre évaluation, faute d’étude comparant les deux méthodes : cyclez l’aquarium sans poissons, vous leur épargnez ces pics. Si votre bac est déjà peuplé et que les valeurs montent, consultez notre guide sur les nitrites et nitrates en aquarium.

Comment cycler un aquarium sans poissons

Il s’agit de fournir aux micro-organismes de l’ammonium, de l’oxygène et du temps, puis de mesurer jusqu’à la fin du cycle :

  • Installation : mettez l’aquarium en eau et laissez tourner le filtre et le chauffage en continu. Le courant apporte aux micro-organismes du filtre l’oxygène dont ils ont besoin [3]. Débranchez toujours les appareils avant d’intervenir dans le bac.
  • Source d’ammonium : dans les études, on utilise habituellement du chlorure d’ammonium [1]. Si vous en utilisez, choisissez un produit pur, sans additifs, respectez la dose indiquée par le fabricant et gardez-le hors de portée des enfants. Que la nourriture pour poissons fonctionne aussi bien comme source d’ammonium n’est pas démontré.
  • Plantes : vous pouvez les installer dès le premier jour ; qu’elles remplacent ou raccourcissent le cycle n’est pas démontré.
  • Mesures : mesurez l’ammonium et les nitrites. Règle maison : tous les 2 à 3 jours au début, puis chaque jour à l’approche du pic de nitrites. Selon une appréciation vétérinaire, les bandelettes n’affichent que des plages de valeurs [9] ; dans une étude sur l’eau potable de 102 foyers, le laboratoire mesurait plus de nitrate que la bandelette dans 81 % des échantillons qui en contenaient [10]. Ce sont de simples indices en faveur des tests en gouttes.
  • Fin du cycle : quand l’ammonium et les nitrites ne sont plus détectables, faites un changement d’eau partiel pour réduire les nitrates accumulés, puis introduisez les premiers poissons progressivement. Pendant un cycle sans poissons, changer l’eau n’est pas nécessaire (déduit du fonctionnement du cycle, non démontré).

Pour la suite, lisez nos guides pour démarrer un aquarium et sur le changement d’eau en aquarium.

Faut-il ajouter des bactéries ?

Ce n’est pas indispensable, et qu’un produit de démarrage remplace le cyclage n’est pas démontré. Dans une étude de 1998, les Nitrobacter d’un produit de démarrage ne se sont pas installés dans le filtre [1] ; dans une autre, deux préparations contenaient des bactéries oxydant l’ammoniac, mais pas les archées qui dominaient 23 des 27 filtres d’eau douce examinés [5]. Une prépublication récente, non évaluée par des pairs et cosignée par un auteur lié à un fabricant, rapporte des pics d’ammoniac et de nitrites atténués avec des suppléments bactériens [11] : ce sont de simples indices.

On ne sait pas si ces produits peuvent être surdosés ni à quelle fréquence les ajouter : suivez les indications du fabricant et mesurez quand même.

Autre piste : des masses filtrantes provenant d’un bac déjà cyclé. Selon un compte rendu de terrain sur des installations aquacoles d’eau de mer (une installation par méthode), la nitrification a démarré presque immédiatement après le remplacement d’environ 10 % du matériau filtrant par un matériau déjà colonisé [12]. Pour les aquariums domestiques d’eau douce, ce n’est pas démontré, et vous risquez de transférer des agents pathogènes d’un bac à l’autre. L’OSAV conseille par ailleurs de ne pas nettoyer le filtre pendant un changement d’eau, pour ne pas retirer les bactéries utiles [4].

Comment savoir si le cycle est terminé ?

Le cycle est terminé quand l’ammonium et les nitrites restent indétectables sur plusieurs mesures successives et que les nitrates augmentent [1] [2]. Une eau limpide ne prouve rien : l’ammoniac est incolore, et seul un test d’eau révèle sa présence [3].

Si vos poissons montrent des signes inhabituels, consultez notre guide sur les maladies des poissons d’aquarium et un vétérinaire expérimenté en poissons.

Autres questions

Faut-il changer l’eau pendant le cycle ?

Lors d’un cyclage sans poissons, ce n’est pas nécessaire (déduit du fonctionnement du cycle, non démontré). Si des poissons sont déjà présents et que l’ammonium ou les nitrites montent, les experts de l’Université de Floride recommandent un changement d’eau partiel de 25 à 50 % [3] ; la page sur les nitrites détaille la marche à suivre.

Les algues brunes au démarrage sont-elles normales ?

Des dépôts bruns dans les premières semaines sont une observation courante chez les aquariophiles, mais aucune étude ne le démontre, et ils ne prouvent pas que le cycle fonctionne. Dans les étangs, les proliférations d’algues suivent un excès de nutriments, surtout d’azote ou de phosphore [13] ; pour l’aquarium, ce n’est transposable qu’en principe.

Dois-je encore mesurer après le cycle ?

Oui, surtout après un nettoyage approfondi du filtre, un traitement médicamenteux ou l’arrivée de nombreux nouveaux poissons. Règle maison : dans ces situations, mesurez l’ammonium et les nitrites chaque jour pendant quelques jours.

Sources

  1. Hovanec TA, Taylor LT, Blakis A, DeLong EF. Nitrospira-like bacteria associated with nitrite oxidation in freshwater aquaria. Appl Environ Microbiol. 1998;64(1):258-264.
  2. McKnight MM, Szabolcs N, Graham A, Neufeld JD. Microbial community succession of home aquarium biofilters associated with early establishment of comammox Nitrospira. ISME Commun. 2025;5(1):ycaf212.
  3. Francis-Floyd R, Watson C, Petty D, Pouder DB. Ammonia in Aquatic Systems. UF/IFAS Extension FA16. University of Florida ; 1990, rev. 1996, reviewed 2012.
  4. OSAV/BLV (Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires, Suisse) : Poissons d’aquarium (page d’information, rubrique Détention d’animaux domestiques et sauvages). Version allemande identique sur le fond : « Bevor Sie Fische einsetzen, muss das Aquarium vier Wochen in Betrieb sein. »
  5. Sauder LA, Engel K, Stearns JC, Masella AP, Pawliszyn R, Neufeld JD. Aquarium nitrification revisited: Thaumarchaeota are the dominant ammonia oxidizers in freshwater aquarium biofilters. PLoS One. 2011;6(8):e23281.
  6. McKnight MM, Neufeld JD. Comammox Nitrospira among dominant ammonia oxidizers within aquarium biofilter microbial communities. Appl Environ Microbiol. 2024;90(7):e0010424.
  7. Hüpeden J, Wegen S, Off S, Lücker S, Bedarf Y, Daims H, Kühn C, Spieck E. Relative abundance of Nitrotoga spp. in a biofilter of a cold-freshwater aquaculture plant appears to be stimulated by slightly acidic pH. Appl Environ Microbiol. 2016;82(6):1838-1845.
  8. Kroupova H, Machova J, Svobodova Z. Nitrite influence on fish: a review. Veterinární medicína. 2005;50(11):461-471.
  9. Water Quality Assessment in Aquatic Vet Medicine. World Small Animal Veterinary Association (WSAVA) Congress Proceedings 2018, via VIN (auteur non indiqué sur la page).
  10. Searles Nielsen S, Mueller BA, Kuehn CM. An evaluation of semi-quantitative test strips for the measurement of nitrate in drinking water in epidemiologic studies. J Expo Sci Environ Epidemiol 2008;18(2):142-148.
  11. Umbach AK, Ikert O, Choquet B, Neufeld JD. Complete ammonia-oxidizing Nitrospira and ammonia-oxidizing archaea as biological supplements for freshwater aquaria. bioRxiv. 2026 (posted 10 Oct 2026).
  12. Bischoff AA, Koch L, Thon M, Buck BH. Biofilter inoculation in recirculating aquaculture systems. Global Aquaculture Advocate (Responsible Seafood Advocate), 17.12.2015.
  13. Selden G (Area Specialized Agent, Aquaculture). Planktonic Algae Control. N.C. Cooperative Extension, Haywood County Center (NC State University). Mis à jour le 08/12/2025.